V současné době se řídí ekologické zemědělství českou legislativou a legislativou EU. Pro ČR je důležitý Zákon o ekologickém zemědělství 242/2000 Sb. a metodické pokyny vydané v návaznosti na tento zákon. A dále Nařízením rady (ES) č. 834/2007 a Nařízením komise (ES) č. 889/2008 platné od 1.1.2009.
