Níže jsou uvedeny aktuálně platné metodické pokyny pro ekologické zemědělství v konsolidovaném znění.
K 1. 1. 2026 vešla v platnost změna MP č. 2/2024 a 4/2024, provedené změny jsou popsané v níže přiložených PDF dokumentech.
Metodický pokyn č. 1/2024 (odkaz)
Metodický pokyn upravující podmínky dovozu bioproduktů, konkrétně pak pravidla pro úřední kontroly zásilek bioproduktů, druhy úředních kontrol, kontroly rizikových zásilek, postup při rozdělení zásilek, nedostupnost systému TRACES a notifikace v systému OFIS.
Metodický pokyn č. 2/2024 (odkaz)
Metodický pokyn, kterým se upravují pravidla pro registraci subjektů do ekologického zemědělství a přechodné období, jeho zkracování či prodlužování
Aktuální konsolidovaná verze ve znění změny ze dne 2. 12. 2025, která nabývá účinnosti od 1. 1. 2026. Touto změnou dochází k následujícím změnám:
- Rozlišují se typy činností pro registraci do EZ v Registru ekologických podnikatelů a pro certifikaci subjektu dle TRACES.
- Aktualizuje se seznam pověřených kontrolních organizací v EZ (ukončení pověření kontrolní organizace Bureau Veritas, pověření Certeko CS)
- Aktualizují se odkazy na příslušné formuláře žádostí a webové stránky (v souvislosti s přechodem domény MZe eagri.cz na jednotnou státní doménu mze.gov.cz).
- Upřesňují se termíny pro vystavení rozhodnutí o registraci a o zrušení registrace v EZ.
- Upřesňuje se možnost podání příslušných žádostí elektronickým způsobem.
- Upřesňuje se ustanovení týkající se registrace do EZ a zahájení přechodného období, a sice, že vstupem do EZ již podnik musí hospodařit v souladu s pravidly nařízení (EU) 2018/848 a souvisejících předpisů.
- Vkládá se povinnost kontrolních organizací průběžného aktualizování certifikátů v REP.
Metodický pokyn č. 3/2024 (odkaz)
Metodický pokyn, kterým se upravují pravidla pro udělování výjimek z pravidel ekologické produkce na:
Aktuálně platná konsolidovaná verze ve znění změny ze dne 10. 1. 2025, kterou došlo zejména k doplnění textu v kapitole 2.3.1.2. na str. 8 ohledně pravidel pro výjimky na nákupy konvenčních savců na ekofarmu.
Metodický pokyn č. 4/2024 (odkaz)
Metodický pokyn, kterým se blíže upravují pravidla pro:
Aktuálně platná konsolidovaná verze metodického pokynu ve znění změny č.j. MZE-70685/2025-13112.
Touto změnou dochází k navýšení stanovených minimálních % kontrolované půdy u vysoce rizikových podniků a ve 2. roce přechodného období, specifikují se podmínky pro kontrolu více podniků v jeden den, shrnují se platná pravidla kontrol obchodníků s více pobočkami dle evropské legislativy, specifikují a upravují se některá dílčí pravidla vstupních, řádných a dodatečných kontrol (vstupní kontrola je typem řádné kontroly, tedy v daném roce nahrazuje kontrolu řádnou, dodatečná/namátková kontrola nesmí proběhnout ve stejný den jako řádná kontrola), mění se termín pro zasílání plánů kontrol inspektorů na ministerstvo (zpravidla 1. pracovní den v měsíci, vždy před zahájením kontrol) a zkracuje se termín pro předání dokumentace ze strany předchozí KO při přechodu klientů k jiné KO (z 10 pracovních dní na 7). Všechny změny jsou přehledně popsány v přiloženém PDF dokumentu.
Metodický pokyn č. 5/2024 (odkaz)
Metodický pokyn, kterým se stanovují pravidla pro střídání plodin na orné půdě, ve sklenících a fóliovnících v ekologickém zemědělství a pro povinné zařazování luskovitých plodin v ekologickém zemědělství
Aktuálně platná konsolidovaná verze ve znění změny ze dne 22. 9. 2025
Metodický pokyn č. 1/2022 (odkaz)
Metodický pokyn, kterým se stanovují specifická pravidla pro odběr, analýzu a následné vyhodnocení vzorků z ekologického zemědělství.
Metodický pokyn č. 2/2022 (odkaz)
Pojmy podle přímo použitelných předpisů Evropské unie.
Metodický pokyn č. 3/2022 (odkaz)
Metodický pokyn, kterým se blíže upravují pravidla pro udělování výjimek z pravidel ekologického zemědělství na použití konvenčního osiva a dalšího rozmnožovacího materiálu.
Metodický pokyn č. 2/2021 (odkaz)
Metodický pokyn upravující pravidla pro zakládání a údržbu ovocných sadů, vegetační pokryv sadů, meziřadí vinic a krajinné prvky v režimu ekologického zemědělství.
Metodický pokyn č. 4/2021 (odkaz)
Metodický pokyn, kterým se upravují pravidla pro souběžnou ekologickou a konvenční produkci.
Metodický pokyn č. 7/2021 (odkaz)
Metodický pokyn, kterým se upravují pravidla pro chov koní v režimu ekologického zemědělství.
Metodický pokyn č. 8/2021 (odkaz)
Metodický pokyn, kterým se blíže upravují pravidla pro chov jelenovitých v režimu ekologického zemědělství.
Metodický pokyn č. 1/2018 (odkaz)
Seznam produktů povolených pro účely ochrany skladových zásob, čištění a desinfekci v rostlinné ekologické produkci.
Přílohy