Finanční prostředky z národních zdrojů i v letošním roce směřují na vybrané citlivé sektory rostlinné a živočišné výroby. Tuto podporu mohou svým zemědělcům vyplácet tzv. nové členské státy EU.
Sazby přechodné vnitrostátní podpory pro jednotlivé sektory pro rok 2016
| Sektory | Sazby |
| Zemědělská půda | 178,32 Kč/ha |
| Chmel | 4 845,07 Kč/ha |
| Brambory určené na výrobu škrobu | 1 621,74 Kč/t |
| Přežvýkavci | 95,40 Kč/VDJ |
| Masné krávy | 121,28 Kč/VDJ |
| Ovce/kozy | 57,47 Kč/VDJ |
Poznámka: Velká dobytčí jednotka (VDJ) představuje 500 kg živé váhy zvířete a pro účely dotací slouží k vyčíslení finanční podpory na tuto jednotku či výpočtu intenzity chovu hospodářských zvířat. Pro názornost uvádíme, že 1 VDJ = 1 kráva starší 2 let nebo přibližně 7 ks ovcí či koz. Přepočítávací koeficienty jednotlivých druhů hospodářských zvířat jsou dány evropskou a národní legislativou.
Přechodnou vnitrostátní podporu bude vyplácet Státní zemědělský intervenční fond na základě Jednotné žádosti, kterou zemědělci podávají každý rok do 15. května.
Přechodná vnitrostátní podpora (dříve Top-Up) je plně hrazena z rozpočtu ČR. Slouží k dorovnání podpory vybraných komodit, kde byly zjednodušením systému unijních podpor nové členské státy EU znevýhodněny ve srovnání s tzv. starými zeměmi EU.
Dalším příspěvkem na citlivé komodity je dobrovolná podpora vázaná na produkci. Letos jejím prostřednictvím poskytne MZe zemědělcům 3,5 miliardy korun. Prostředky jsou určeny pro odvětví, která jsou v krizi, či kde klesají počty zvířat a ubývají hektary polí. Tuto podporu v letošním roce získají chovatelé dojnic a masných telat, pěstitelé bílkovinných plodin, vybraných druhů ovoce a zeleniny, včetně konzumních brambor. Obdrží je rovněž chovatelé ovcí a koz a také pěstitelé tradičních českých komodit jako jsou chmel, cukrová řepa a také škrobové brambory.
